Nordiska Akvarellmuseet är organiserat som en stiftelse. Stiftare är Nordiska Akvarellsällskapet och Tjörns kommun. Stiftelsens styrelse består av ledamöter från de nordiska länderna. 

Styrelsen

Ordförande
Gunilla Bornmalm-Jardelöw, Göteborg, Sverige

​Vice ordförande
Kai Kartio, Helsingfors, Finland 

​Styrelseledamöter
Anders G Högmark, repr. Tjörns kommun, Sverige​Anna Törnquist, repr. Nordiska Akvarellsällskapet
Bernt Kjellander, repr. för Västra Götaland​​
Mats Wallenius, Stockholm, Sverige
Harpa Thórsdóttir, Island
Morten Löbner Espersen, Köpenhamn, Danmark​​
Nils Ohlsen, Oslo, Norge
Lars Nordström, Göteborg, Sverige