Nordiska Akvarellmuseet är organiserat som en stiftelse. Stiftare är Nordiska Akvarellsällskapet och Tjörns kommun. Stiftelsens styrelse består av ledamöter från de nordiska länderna. 

• Styrelsen
•  
• Ordförande:
• ​Gunilla Bornmalm-Jardelöw, Göteborg, Sverige
•  
• Vice ordförande:
• Kai Kartio, Helsingfors, Finland 
•  
• Styrelseledamöter:
• Anders G Högmark, repr. Tjörns kommun, Sverige
• ​Anna Törnquist, repr. Nordiska Akvarellsällskapet
• ​Bernt Kjellander, repr. för Västra Götaland
• ​Mats Wallenius, Stockholm, Sverige
• Harpa Thórsdóttir, Island
• Morten Löbner Espersen, Köpenhamn, Danmark​
• Nils Ohlsen, Oslo, Norge
• Lars Nordström, Göteborg, Sverige