Nordiska Akvarellmuseet är organiserat som en stiftelse. Stiftare är Nordiska Akvarellsällskapet och Tjörns kommun. Stiftelsens styrelse består av ledamöter från de nordiska länderna. 

Styrelsen

Ordförande:
​Gunilla Bornmalm-Jardelöw, Göteborg, Sverige

Vice ordförande:
Kai Kartio, Helsingfors, Finland 

Styrelseledamöter:
Anders G Högmark, repr. Tjörns kommun, Sverige
​Anna Törnquist, repr. Nordiska Akvarellsällskapet
​Birgitta Friberg, repr. för Västra Götaland
​Mats Wallenius, Stockholm, Sverige
Harpa Thórsdóttir, Island
Morten Löbner Espersen, Köpenhamn, Danmark​
Nils Ohlsen, Oslo, Norge